Кафедра была создана в сентябре 1995 года на основе естественнонаучных дисциплин под руководством кандидата физико-математических наук Г. М. Маматурдиева. С 1996 года кафедра была переименована в «Прикладная математика и информатика». В 1997-1998 учебном году были приобретены два компьютерных класса типа «IBM-486», один из которых был профинансирован Министерством высшего и среднего образования Республики Узбекистан. В этот учебный год основными учебными дисциплинами стали высшая математика, информатика, АРМ программиста и эконометрика. В связи с увеличением количества специальностей и расширением факультетов в университете в 1999-2000 учебном году кафедра «Прикладная математика и информатика» была разделена на три самостоятельные кафедры:
- «Математические методы в экономике и праве»,
- «Математика и информатика»,
- «Информационные технологии».
Кафедру «Информационные технологии» возглавил кандидат физико-математических наук, доцент А. Ж. Сатыбаев. Кафедра готовила специалистов по направлениям АСОИУ, ПОВТАС и АСОИУс. На начало 2002-2003 учебного года преподавательский состав кафедры насчитывал 20 человек, включая 1 доктора наук, 1 кандидата физико-математических наук, 4 старших преподавателя, 9 преподавателей, 2 инженеров-программистов, 2 техника-оператора и 1 лаборанта.
В начале 2003-2004 учебного года кафедра была разделена на две: «Прикладная и вычислительная математика» и «Информационные компьютерные системы». Руководителем кафедры «Прикладная информатика и вычислительная математика» был назначен кандидат физико-математических наук, доцент А. Ж. Сатыбаев.
В начале 2008-2009 учебного года кафедра была переименована в «Прикладная информатика в экономике», её руководителем стал кандидат физико-математических наук, доцент А. А. Ахмедов.
В начале 2009-2010 учебного года кафедра получила название «Компьютерные и информационные технологии», её руководителем был назначен доктор физико-математических наук, профессор А. Ж. Сатыбаев. С ноября того же учебного года кафедру возглавила кандидат технических наук, доцент Г. К. Омурбекова. С сентября 2014 года по 2020 год кафедрой руководил доктор физико-математических наук, профессор Ы. Ташполотов. С 2020 года кафедрой ИСиТ руководит кандидат технических наук, профессор КУМУ Г. К. Омурбекова.
На сегодняшний день кафедра готовит бакалавров и магистрантов по направлениям «Информатика и вычислительная техника», а также специалистов в области «Графики»